H/f chercheur post-doctoral dans le cadre du projet anr identhic

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H/F Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :

Date Limite Candidature : vendredi 25 octobre 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : H/F Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC
Référence : UMR5149-NATCOL-020
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 4 octobre 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 2 décembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : À partir de 3021 euros brut par mois selon expérience professionnelle
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Mathématiques et interactions des mathématiques


Missions

Identification de la composition clonale d'une tumeur à partir des données de séquençage ciblé. Le postdoc s'inscrit dans le projet ANR Identhic, qui se concentre sur la reconstruction de l'histoire évolutive des tumeurs à partir de données de séquençage partielles. Le candidat interagira avec les quatre membres principaux du projet ainsi qu'avec des étudiants en master et doctorat travaillant sur des aspects complémentaires du projet. Le ou la candidat.e sera en charge du développement méthodologique d’approches statistiques permettant l’identification des sous-groupes de cellules se comportant de manière homogène à partir de données de séquençage, d’abord en observation complète, puis en observation partielle.


Activités

1. Familiarisation avec les données, mise en forme des données, création d’une annotation des échantillons obtenus sur les patients.
2. Développement de méthode de déconvolution permettant l’inférence de la composition clonale de l’échantillon à partir de données de séquençage en observation totale.
3. Benchmarking de la méthode.
4. Extension au cas du séquençage en observation partielle à l’aide de priors bio-informés, développement de méthodes d’imputation pour les données manquantes dans ce contexte.
5. Implémentation des méthodes au travers d’algorithmes efficaces.
6. Présentation et discussion des résultats avec les membres du consortium.
7. Rédaction d’articles scientifiques pour la diffusion des résultats à la communauté scientifique.
8. Participation à des workshops et conférences internationales.


Compétences

Doctorat en biostatistiques ou bioinformatique
Goût pour la programmation, en particulier maîtrise de R ou python
Manipulation antérieure d’au moins un type de données de séquençage.


Contexte de travail

Le chercheur recruté mènera ses recherches à l’IMAG, au sein de l’équipe EPS sous la supervision d’Alice Cleynen et Sophie Lèbre. Situé sur le Campus Triolet de l’Université de Montpellier, l’IMAG est un des portails vers les mathématiques en Occitanie. Il comprend 170 membres et est composé en 4 équipes de recherche : Analyse, Calcul Scientifique et Optimisation de Montpellier (ACSIOM), Didactique et Epistémologie des Mathématiques (DEMA), Equipe de Probabilité et Statistique (EPS), Géométrie, Topologie et Algèbre (GTA).

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