Mission :
La personne recrutée produira et structurera des jeux de données de polymorphisme génomique chez les plantes à partir de données publiques pour préparer des analyses de génomique des populations comparative.
Activités :
1) Identification des jeux de données initiaux disponibles dans les bases de données publiques.
2) Application du pipeline de production des données polymorphisme (vcf + méta-données) déjà développé dans l'équipe basé sur le pipeline snpArcher (Mirchandani et al. 2024, https://doi.org/10.1093/molbev/msad270).
3) Contrôle qualité, documentation et organisation des jeux de données produits.
4) Test et automatisation des pipelines aval d'analyse de génomique des populations (utilisation de Snakemake et d'outils associés au traitement et à l'analyse des données de polymorphisme).
5) Evaluation de la possibilité d'utilisation des données du projet Darwin Tree of Life (https://www.darwintreeoflife.org/data/).
Experience: Expérience exigée de 1 An(s)
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