Elucidation de la voie de dégradation de l'homarine dans les océans

Description du sujet de thèse

Domaine
Sciences du vivant

Sujets de thèse
Elucidation de la voie de dégradation de l'homarine dans les océans

Contrat
Thèse

Description de l'offre

Contexte :
La production biologique primaire dans les océans exerce un contrôle important sur le CO2 atmosphérique. Le phytoplancton transforme chaque jour 100 millions de tonnes de CO2 en des milliers de composés organiques différents. La majeure partie de ces molécules (sous forme de métabolites) est biologiquement labile et retransformée en CO2 en l'espace de quelques heures ou de quelques jours. Les boucles de rétroaction climat-carbone médiées par ce réservoir de carbone organique dissous (COD) labile dépendent de ce réseau de microbes et de métabolites. En d'autres termes, la résilience de l'océan face aux changements planétaires dépendra de la façon dont ce réseau réagit à ces perturbations.

En raison de sa courte durée de vie, ce pool de COD labile est difficilement observable. Ces métabolites microbiens constituent pourtant les voies les plus importantes dans l'océan du transport du carbone et sont assimilés par les bactéries marines comme sources de carbone et d'énergie. La connaissance des principales voies métaboliques (des gènes aux métabolites) est donc nécessaire pour modéliser les flux de carbone dans les océans. Pourtant, la diversité de ces molécules reste largement inexplorée et nombre d'entre elles n'ont pas de voies biosynthétiques et/ou cataboliques annotées. C'est le cas de l'homarine (N-méthylpicolinate), un composé abondant dans les océans. La teneur en homarine peut atteindre 400 mM chez la cyanobactérie marine Synechococchus et cet organisme ubiquitaire contribue entre 10 et 20 % de la production primaire nette mondiale. L'homarine, par son abondance, est probablement un métabolite important dans le cycle du carbone.

Projet :
Dans ce projet de thèse, nous voulons élucider la voie de dégradation de l'homarine dans les océans. Ruegeria pomeroyi DSS-3 est une bactérie aérobie à Gram négatif, membre du clade marin Roseobacter. Ses proches parents représentent environ 10-20 % du plancton bactérien de la couche mixte côtière et océanique. En laboratoire, DSS-3 peut utiliser l'homarine comme seule source de carbone, mais on ne dispose à ce jour d'aucune information sur les gènes et les catabolites impliqués dans ce processus.

L'analyse comparative d'expériences de RNAseq menées sur des cultures de DSS-3 cultivées avec de l'homarine ou du glucose (contrôle) comme source de carbone permettra de repérer les gènes candidats impliqués dans la voie de dégradation. En parallèle, cette voie sera étudiée via une approche métabolomique par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à très haute résolution. La différence de profil entre des métabolomes de DSS-3 provenant de cellules cultivées sur glucose et ceux issus de cellules cultivées sur homarine aidera à détecter les catabolites de la voie. Enfin, les gènes candidats seront clonés pour une expression recombinante dans E. coli, les protéines correspondantes purifiées et leur activité caractérisée afin de reconstruire l'ensemble de la voie de dégradation de l'homarine in vitro. L'analyse de l'expression de ces gènes dans les données du projet Tara Océans sera la première étape pour mieux comprendre le rôle de l'homarine dans le cycle du carbone.

Université / école doctorale
Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (SDSV)
Evry Val d'Essonne

Localisation du sujet de thèse
Site
Fontenay-aux-Roses

Critères candidat
Formation recommandée
Master ou diplôme ingénieur en chimie/biochimie/biotechnologie ou champs disciplinaires relatifs

Demandeur
Disponibilité du poste
01/10/2025

Personne à contacter par le candidat
Tuteur / Responsable de thèse
Perret Alain aperret@genoscope.cns.fr
CEA
DRF/JACOB//LGBM
2 rue GASTON CREMIEUX

CP 5706 91057 EVRY CEDEX

En savoir plus
Lien vers l'offre #J-18808-Ljbffr