Stage m2 biostatistiques/bioinformatique

Stage M2 Biostatistiques/Bioinformatique

Date de prise de poste : 1 février 2025

Le stage proposé vise à comparer des méthodes de détection de QTL en exploitant des données de génotypage obtenues par séquençage haut débit de lignées de maïs, phénotypées pour différents caractères agronomiques. Il s’agira donc de proposer, tester et comparer des méthodes de détection de QTL capable de traiter des grands jeux de données de génotypage. Il sera également nécessaire d'explorer des solutions de réduction dimensionnelle pour simplifier les analyses, y compris la gestion du déséquilibre de liaison entre les variants.

Responsabilités :

* Mettre à jour le pipeline d’analyse de données : du filtre des variants à la réalisation des analyses d’associations de façon automatique.
* Réaliser des analyses GWAS avec différents logiciels et comparer les résultats obtenus dans un rapport clair et argumenté.
* Identifier, comparer et utiliser des outils et modèles capables d'intégrer des variants multi-alléliques dans la détection de QTL.

Qualifications :

* Etudiant en Master de Bioinformatique/Génétique Quantitative ou similaire.
* Compétences requises :
* Une bonne compréhension des principes fondamentaux de la génétique formelle et quantitative.
* Utilisation des commandes shell (Unix/Linux) et de scripts bash pour soumission de calculs sur serveur HPC.
* Maitrise d’un langage de programmation, de préférence Python et/ou R.
* De bonnes connaissances dans le domaine de l’utilisation de données de séquençage de nouvelle génération en génétique quantitative.
* Capacité à communiquer en Anglais (oral et écrit).
* Permis B et véhicule si possible car le centre de recherche est éloigné des centres urbains.

La faculté à travailler en équipe, à communiquer avec des interlocuteurs variés, la rigueur, l’autonomie et la curiosité sont des qualités indispensables à la réussite du stage.

Le stage est rémunéré 1148 € par mois. Les frais de repas au restaurant d'entreprise sont pris en charge et les déplacements professionnels indemnisés.

LOCALISATION ET CONTACT MAITRES DE STAGE

Le stage se déroulera au Centre de Recherche de Chappes situé à 17km de Clermont Ferrand et 11km de Riom.

Procédure : Postulez sur le site de Limagrain.com: https://jobdesk.limagrain.com/offre-de-emploi/emploi-stagiaire-en-bioinformatique-et-genetique-quantitative-appliquee-a-la-selection-vegetale-h-f-_9943.aspx

Offre publiée le 16 octobre 2024, affichage jusqu'au 31 juillet 2025.

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