Analyse de données bio-informatique de type séquençage (RNAseq, small RNAseq, chIPseq, tRNA-seq) dans le cadre de projet sur les petits ARN non-codants et modification des ARN sur 2 systèmes modèles différents: D. melanogaster et cellule humaine.
Activités
- Technique classiques d'analyse bio-informatique
- connaissance avancée en R, RNA sequencing analysis, fragments files, ATAC-seq, analyse et manipulation d'objet, GWAS manipulation (phénotypique et génotypes)
- connaissance de création de plots (ggplot2 ou équivalent)
- connaissance en spatial transcriptomics
- Niveau avancé en Python (Syntaxe des fonctions, sérialisation des objets python, manipulation des listes et des tableaux)
- Niveau avancé en Bash/UNIX (programmation, analyse de fichiers big data et installation de packages)
- connaissance requise en C++, Github/Git - principes FAIR et Docker
- Interactions avec les plateformes de séquençage et possiblement de protéomique
- connaissance et utilisation de Galaxy pour analyse RNAseq (small and others).
Compétences
Compétences en bio-informatique, séquençage et analyse de séquence
Savoir-faire: Lecture et compréhension de protocoles/ programmes publiés, optimisation de protocoles et programmes informatiques (échange en Anglais et Français, niveau C1 Anglais minimum).
Savoirs-être: Rigueur, autonomie, dynamisme, très bonne capacité à travailler en équipe
Contexte de travail
Activité dans l'équipe TE R BIO : "TRANSGENERATIONAL EPIGENETICS & SMALL RNA BIOLOGY" dirigée par C. Carré et L. Teysset au Laboratoire de Biologie du Développement (UMR7622), à l'Institut de Biologie Paris Seine, sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université (Bâtiment Cassan).
Activité dans l'équipe TE R BIO : "TRANSGENERATIONAL EPIGENETICS & SMALL RNA BIOLOGY" dirigée par C. Carré et L. Teysset au Laboratoire de Biologie du Développement (UMR7622), à l'Institut de Biologie Paris Seine, sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université (Bâtiment Cassan).
Contraintes et risques
Habituelles d'un travail de recherche en bio-informatique dans en laboratoire de Biologie.
Habituelles d'un travail de recherche en bio-informatique dans en laboratoire de Biologie.
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