CDD - 12 mois à partir d'avril 2025
Le Laboratoire de la Santé des Végétaux est réparti sur 6 sites géographiques (Angers, Clermont-Ferrand, Montpellier, Nancy, Rennes et Saint-Pierre-de-la-Réunion). Il intervient sur tous les milieux : cultivés, forestiers naturels et urbains. Il est chargé d’identifier et d’aider à la lutte contre les organismes biologiques nuisibles pour la santé des végétaux, assure la détection des végétaux génétiquement modifiés et met en quarantaine des végétaux importés en dérogation à la réglementation phytosanitaire de l’Union Européenne. Ce laboratoire compte environ 100 personnes et 7 unités scientifiques. Environ 10 projets de recherche sont en cours chaque année pour environ 30 publications scientifiques par an.
Au sein de ce laboratoire, l’Unité de Quarantaine est chargée de la mise en quarantaine des végétaux introduits sur le territoire français.
Vous rejoindrez une unité organisée en 2 équipes fonctionnelles, l’équipe plantes et l’équipe laboratoire, fonctionnant de concert pour mener à bien l’ensemble des activités de l’Unité de Quarantaine.
VOTRE QUOTIDIEN :
Diagnostic sanitaire de végétaux :
* Exploiter les jeux de données fournis
* Interpréter les résultats (présence / absence de divers virus et viroïdes déjà connus ; identification de nouveaux organismes)
Bio-informatique :
* Utiliser le protocole d’analyse de l’Unité pour les besoins du projet
* Au besoin, enrichir ou mettre à jour des bases de données locales
* Au besoin, créer, modifier et intégrer outils et workflows sous une instance locale Galaxy
Valorisation :
* Produire des supports et communiquer les résultats obtenus (en anglais ou en français)
* Participer à la rédaction des rapports nécessaires au projet
* Contribuer à la rédaction de publication(s) scientifique(s)
Organisation du travail :
* Réaliser la traçabilité des activités réalisées
* Respecter le système de management de la qualité de l’Unité
PROFIL :
Formation et expérience requises :
* Bac+3 minimum, en lien avec le profil recherché
* Minimum 3 ans d’expérience en analyse de données de séquençage à haut-débit
* Expérience dans l’identification de virus à partir de données métagénomiques appréciée
* Compétences en utilisation d’outils bio-informatiques et en programmation (optimisation d’un pipeline)
* Expérience en gestion de projet et en rédaction scientifique
Compétences transversales :
* Capacité à collaborer efficacement avec d’autres chercheurs et techniciens
* Flexibilité pour s’adapter aux besoins changeants du projet et de l’environnement de l’Unité
* Rigueur dans la documentation des activités et le respect du système de management de la qualité.
* Capacité à produire des supports de communication et à présenter les résultats en français et en anglais à un public diversifié.
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