Doctorant.e en bioinformatique - projet de thèse cifre (h/f)

Type de contrat : CDD 36 mois (contrat CIFRE - Doctorat)
Lieu : Nice (Université Côte d'Azur) & Huningue (Firalis SA, Haut-Rhin)
Date de début : Dès que possible
Rémunération : Selon grille CIFRE + avantages éventuels liés à l'entreprise partenaire
Niveau d'études requis : Bac +5 (Master 2 en Bioinformatique ou équivalent)

Contexte
Ce projet de thèse s'inscrit dans une collaboration entre une unité Inserm de recherche académique de renommée et l'entreprise Firalis SA, spécialisée dans les biomarqueurs en santé humaine. Il porte sur l'étude de la rechute des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) de type T chez l'enfant, en utilisant des approches de transcriptomique à cellule unique (scRNAseq) et multi-omiques.

Le ou la doctorant.e recruté.e bénéficiera d'un double encadrement académique et industriel, dans le cadre d'un financement CIFRE, avec un fort potentiel de valorisation scientifique et translationnelle.

Missions principales
- Développement et conduite d'un projet de recherche original portant sur l'analyse bioinformatique des mécanismes moléculaires de rechute dans les LAL-T pédiatriques.
- Analyse de données de transcriptomique à cellule unique (scRNAseq) issues de prélèvements patients (diagnostic/rechute) et de bases publiques.
- Détection de gènes différentiellement exprimés et de biomarqueurs de rechute.
- Développement d'outils bioinformatiques interactifs (e.g. applications R Shiny).
- Collaboration avec Firalis pour le développement d'approches multi-omiques intégrées (transcriptome, protéome, etc.).
- Présentation des résultats en réunions de laboratoire, congrès, et rédaction d'articles scientifiques.

Missions secondaires
- Participation à la formation interne des membres de l'équipe aux outils bioinformatiques de base.
- Interaction régulière avec les équipes de Firalis et les plateformes bioinformatiques de l'Université Côte d'Azur.
- Contribution à la valorisation économique et scientifique du projet.

Profil recherché
Compétences techniques :
- Excellente maîtrise de l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques (idéalement scRNAseq).
- Très bonne connaissance de R et Python.
- Pratique de Linux, Git, et Docker.
- Connaissance des outils de visualisation interactive (Shiny, ggplot2, etc.).
- Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit/parlé).

Savoir-être :
- Rigueur scientifique et sens de l'organisation.
- Autonomie, esprit d'initiative.
- Bon relationnel et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
- Goût pour la recherche appliquée et l'innovation.

Formation attendue
- Diplôme de Master 2 en Bioinformatique, Biologie Computationnelle ou Statistiques appliquées à la biologie.

- Une première expérience de recherche (stage ou CDD) dans un projet bioinformatique est un plus.

Environnement et encadrement
Le ou la doctorant.e intégrera l'équipe 4 du C3M à Nice (dirigée par le Dr Jean-François Peyron) et sera co-encadré.e par l'équipe R&D de Firalis SA à Huningue. Ce projet s'inscrit dans une dynamique forte de recherche translationnelle, soutenue par le Cancéropôle PACA.

Contraintes particulières
- Travail prolongé sur poste informatique
- Déplacements ponctuels à prévoir entre Nice et Huningue.

Candidature
Envoyer un CV, une lettre de motivation, et 2 à 3 références à :

careers@firalis.com
ou via la plateforme France Travail