Alternance - technicien supérieur de recherche - microbiologie et infection f h/f

Missions
Le but de ce travail est d'utiliser des techniques de génotypage déjà mises en place au CNRMA pour étudier la diversité génétique d'espèces fréquentes responsables d'infections invasives en France et d'optimiser des techniques de génotypage par séquençage à haut débit pour certaines espèces, afin d'améliorer la méthode de génotypage mise en place au CNRMA.
Les isolats appartiennent à 6 espèces fongiques : Candida albicans, Nakaseomyces glabratus, C. parapsilosis, C. tropicalis, Pichia kudriavzevii et Aspergillus fumigatus. Il s'agit des isolats cliniques purifiés et identifiés au préalable par le CNRMA, conservés à -80°C, recueillis dans le cadre d'une étude ponctuelle de surveillance nationale.
Selon les espèces, les techniques disponibles ou à mettre en place sont différentes :
1.Détermination du génotype des isolats d'A. fumigatus (environ 40 isolats) en utilisant 8 marqueurs microsatellites :
- Amplification uniplex par PCR point final selon un protocole utilisé en routine au CNRMA.

2.Détermination du génotype des isolats de C. parapsilosis (environ 20 isolats) en utilisant 4 marqueurs microsatellites :
- Amplification uniplex par PCR point final selon un protocole utilisé en routine au CNRMA
- Préparations des échantillons et envoi à la plateforme de séquençage Eurofins.
- Analyse des pics avec le logiciel PeakScanner.

3.Détermination du génotype des isolats de N. glabratus (environ 20 isolats) selon le profil MLST par séquençage du génome entier.
- Séquençage par la plateforme P2M de l'Institut Pasteur.
- Données de génome entier analysé à partir des fichiers fasta générés par P2M : vérification de la qualité des séquences, détermination des profils alléliques avec le module blastx (commande unix ou R)
- Eventuellement PCR point final et séquençage Sanger pour confirmer certains résultats

4.Détermination du génotype des isolats de C. albicans (n=50), C. tropicalis (n=15), P. kudriavzevii (n=15) selon le profil MLST après optimisation par Ampliseq ou Imap (PCR multiplex en séquençage haut débit).
- Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
- Dosage de l'ADN
- Préparation des librairies avec le kit IMAP ou Ampliseq de Illumina designé pour chaque organisme
- Séquençage par la plateforme OMICS de l'Institut Pasteur.
- Analyse de séquences obtenues
- PCR point final et séquençage Sanger pour confirmer certains résultats
En fonction des résultats obtenus et les difficultés rencontrée, l'étude pourra se faire uniquement sur certaines espèces ou pour quelques isolats.