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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous serez accueilli⸱e dans l’Unité Ecosystèmes Forestiers (EFNO), composée d'une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Les activités de recherche et d'expertise y portent principalement sur les pressions qui pèsent sur la biodiversité forestière, afin de proposer des méthodes de suivi et des recommandations de gestion forestière durable et d'aménagement du territoire. Vous viendrez en appui à un projet de recherche impliquant la collaboration de 5 laboratoires (Univ. Orléans ICOA, Univ. Orléans P²E, INRAE Biogeco, INRAE EFNO, INRAE URZF) sur l’exploration de la composition des communautés des insectes xylophages, des champignons et des métabolites du bois de chêne dans un contexte de dépérissement.
Vous serez plus particulièrement en charge de :
Contexte
Le groupe d’insectes appelés « ambrosia beetles » rassemble différentes espèces de parasites de faiblesse, qui profitent des dépérissements pour coloniser les arbres affaiblis. Ces insectes forent un réseau de galerie dans les tissus ligneux (aubier et/ou duramen) et y inoculent des symbiotes fongiques. Ces derniers colonisent les tissus ligneux et tapissent les parois des galeries creusées par les insectes. Une fois les parois couvertes d’hyphes, les insectes pondent leurs œufs et les larves se développent dans le réseau de galeries en se nourrissant des champignons.
La dégradation liée au forage des galeries est couramment appelée piqûre. Ce phénomène limite fortement les usages des bois et déprécie fortement leur valeur économique, et représente par conséquent un enjeu forestier majeur en chênaie. Les impacts de la piqûre sur la composition biochimique, les propriétés mécaniques et esthétiques des bois de chêne sont toutefois méconnus et pourraient dépendre des espèces colonisatrices impliquées (insectes et/ou champignons) qu’il convient de décrire scrupuleusement.
Problématique
Fondé sur la mutualisation de données pluri-disciplinaires (insectes, champignons, métabolites) par les laboratoires partenaires, le projet comporte plusieurs objectifs :
- Identifier les communautés d’insectes xylophages et de champignons colonisant les arbres dépérissants ou « sains »,
- Déterminer les impacts biochimiques de cette colonisation sur les bois.
Le stage reposera sur l’analyse d’un riche jeu de données acquises en 2022 en forêt de Chantilly (Oise). Dans le cadre de ces travaux 33 chênes présentant différents symptômes de dégradation ont été abattus. Les grumes ont été mises sous nasse à émergence, à différentes hauteurs, et durant plusieurs mois afin de collecter les insectes s’y étant développés (i.e. occupant l’arbre avant son abattage). Les insectes ont ensuite été identifiés et dénombrés. Sur chaque grume, des carottes de tissus ligneux ont été prélevées dans le duramen et l’aubier pour déterminer (i) les champignons présents par métabarcoding, et (ii) le profil phytochimique des métabolites par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution. Enfin, une inspection détaillée a recensé la densité de piqûres et de trous d’émergence d’agriles, la profondeur des piqûres, la présence de galeries et de trous d’entrée dans la grume.
La coordination du projet et l’inspection des grumes ont été assurées par l’Université d’Orléans (P²E), les analyses biochimiques par l’Université d’Orléans (ICOA), les analyses fongiques par INRAE BIOGECO et les analyses d’insectes par INRAE EFNO. Les 4 types de données ont été décrits de manière exploratoire par chaque partenaire.
Le travail d’analyse à réaliser consiste à mettre en lien les données entomologiques (insectes émergents), fongiques (communautés de champignons dans les grumes) et biochimiques (métabolites dans les tissus ligneux). Observe-t-on des co-variations ou des relations fonctionnelles entre les familles de variables ? Peut-on mettre en relation un patron de colonisation par les insectes et champignons et un profil chimique ? Le couplage des données représente un défi et un travail complexe mais particulièrement original par son approche multi-disciplinaire.
Calendrier d’activité
Le stage comporte une phase de prise en main et de formatage des différentes bases de données 2022, avant la mise en œuvre de modèles d’analyse des données, sous le logiciel statistiques R. La participation active à la rédaction d’un article scientifique issu des résultats produits est prévue.
En parallèle, et pour appréhender toutes les étapes de la recherche en écologie forestière, l’étudiant⸱e pourra s’impliquer dans la campagne de prise de données de projets analogues en 2025.
L’encadrement sera assuré par Christophe Bouget (INRAE EFNO), en collaboration à distance avec Aurélien Sallé (P²E), Marylise Marchand (Biogeco), Laetitia Fougère (ICOA).
Le stage devra commencer entre janvier et mars 2025.
Formations et compétences recherchées
Master/Ingénieur (Bac+5)
Formation recommandée : Etudiant⸱e en Master 2 ou césure d’écologie ou de biostastistiques, ou en Ecole d’Ingénieurs Agronomes ou Forestiers.
Connaissances souhaitées : Connaissances en écologie des communautés et en écologie forestière bienvenues, formé(e) aux méthodes scientifiques avec de bonnes capacités rédactionnelles.
Expérience appréciée : Une première expérience en laboratoire scientifique serait un plus mais n’est pas obligatoire.
Aptitudes recherchées : fort intérêt pour l’analyse de données et les traitements statistiques (pratique usuelle de R).
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
-possibilité logement sur place
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
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