Ingénieur(e) bio-informaticien; analyse de données transcriptomiques dans le cancer pulmonaire.

Ingénieur(e) bio-informaticien; Analyse de données transcriptomiques dans le cancer pulmonaire.

CDD·IE·12 mois Bac+5 / Master INSERM U1149·Paris (France) Selon la qualification et l’expérience du candidat (grilles de salaire INSERM)

Contexte du projet

Dans le cadre d’un projet de recherche inter-SIRIC (Sites de Recherche Intégrée sur le Cancer) associant les SIRIC inSITU (APHP) et SIRIC Curie, les équipes «Inflammation et fibrose dans les maladies pulmonaires» (A. Mailleux/B. Crestani; INSERM U1149; Faculté de Médecine Bichat, Paris) et “Stress et cancer” (F. Mechta Grigoriou, INSERM U830, Institut Curie, Paris) recrutent un(e) ingénieur(e) d’étude en bio-informatique.

Le projet porte sur la caractérisation transcriptomique des cancers pulmonaires développés sur fibrose pulmonaire. La fibrose pulmonaire représente un facteur de risque majeur de développer un cancer pulmonaire. Cependant, les mécanismes de carcinogénèse sont mal connus. Dans ce contexte, l’équipe «Inflammation et fibrose dans les maladies pulmonaires» a acquis, à partir de prélèvements tissulaires de patients atteints de cancer pulmonaire développé sur fibrose, un ensemble de données moléculaires uniques (bulk RNA-seq, transcriptomique spatiale) portant à la fois sur la tumeur et sur le tissu fibreux adjacent à la tumeur.

Responsabilités principales

1. Prendre en charge l’analyse bioinformatique des données moléculaires acquises.
2. Développer, appliquer et optimiser des outils bioinformatiques pour traiter, analyser et interpréter ces données.
3. Effectuer des analyses bio-informatiques standard: gènes différentiellement exprimés (clustering hiérarchique, heatmap), enrichissement de voies de signalisation (GSEA, gene Ontology), analyse en composante principale.
4. Conduire une analyse des différentes populations cellulaires par déconvolution des données RNA-seq.
5. Procéder aux analyses bio-informatiques standard pour les données de transcriptomique spatiale (Visium, 10X Genomics).

Environnement de travail

L’ingénieur(e) bénéficiera d’un encadrement de qualité associant médecins, chercheurs en biologie et bio-informaticien(s), dans des équipes académiques reconnues sur le plan national et international.

Compétences requises

1. Connaissances générales dans le domaine des sciences de la vie.
2. Connaissances des approches de séquençage ARN et transcriptomique spatiale.
3. Compétence en programmation (langage R et Python) (indispensable).
4. Compréhension des outils d’analyse courants des données RNA-seq (indispensable).
5. Connaissance dans l’utilisation de cluster de calcul.

Savoir-faire

1. Expérience dans l’analyse bioinformatique de données RNA-seq.
2. Utilisation de pipelines d’analyses.
3. Organisé et rigoureux, autonomie.
4. Qualités relationnelles et capacité à travailler en équipe.
5. Capacité à assimiler la littérature scientifique (en anglais).
6. Capacité à rédiger et communiquer les résultats des analyses produites.

Expérience et diplôme souhaités

Une expérience dans l’analyse des données RNA-seq et de transcriptomique spatiale est souhaitée, mais pas obligatoire. Master en bioinformatique.

Date de prise de fonction: modulable (à partir du 05/05/2025).

Procédure: Envoyer un mail à l'adresse indiquée, avec CV.

Dr Nicolas Poté

Offre publiée le 20 janvier 2025, affichage jusqu'au 3 mars 2025

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