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Présentation d'INRAE
INRAE, Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l'ensemble agriculture - alimentation - environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.
Face à l'augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s'engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l'évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales. Environnement de travail, missions et activités
L unité GeT-PlaGe propose depuis 23 ans ses services en Génomique à l'ensemble de la communauté scientifique nationale en agronomie, environnement et écologie. Membre de France Génomique (PIA), elle est labellisée Infrastructure scientifique collective et fait partie de l'Infrastructure de Recherche de Génomique INRAE. Le projet d'unité de GeT-PlaGe vise à consolider la R&D applicative et son positionnement en tant que leader dans le domaine agro-environnemental à l'échelle nationale. Le positionnement sur des projets ambitieux et la valorisation de l'expertise acquise font parties des priorités de l'unité (Publication, Open data) dans 4 domaines : Analyse des Génomes (Assemblage et recherche de variants dont variants structuraux, Régulation de l'Expression des génomes (dont Epigénétique), Etude de transcrits codants et non codants, métagénomique (metabarcoding et whole metagénome sequencing). GeT-PlaGe collabore étroitement avec la plateforme INRAE GenoToul Bioinfo et utilise son infrastructure de stockage et de calcul. Les analyses bioinformatiques de premier niveau (contrôle qualité, analyses courantes, maintenance évolutive des chaines de traitement) étant prises en charge par GeT, quand les nouveaux développements sont pris en charge conjointement avec la plateforme bioinformatique.
Vous serez en charge de mettre en place l'environnement logiciel pour suivre la qualité des données NGS.
Vous piloterez les données brutes issues des machines short reads et long reads (Element Biosciences, Illumina, Pacbio, Nanopore).
Vous participerez activement à l'évolution des pipelines d'analyse existants en nextflow en lien avec le site web NGL-Bi de mise à disposition des données.
Vous serez amené.e à développer de nouveaux composants/pipelines d'analyse selon les nouvelles applications NGS à intégrer.
Vous rédigerez les documentations d'utilisation des outils développés.
Vous accompagnerez et formerez l'équipe de biologistes NGS dans l'utilisation de ces outils.
Vous devrez résoudre les problèmes liés aux analyses qualité remontées par l'équipe de biologistes et participer à l'intégration et la validation de nouvelles machines haut-débit.
Vous participerez activement à la validation des développements technologiques réalisés sur la plateforme, en partenariat avec des équipes de recherche le cas échéant, notamment sur la partie séquençage de 3ème génération.
La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.
Formations et compétences recherchées
Licence, Maîtrise, Master 1, BUT
Titulaire d'une formation en bioinformatique, vous maitrisez les langages : Python, Perl, Bash.
Vous avez une bonne connaissance des bases de données : PostgreSQL, MongoDB; Systèmes d'exploitation : Linux, Windows; et de clusters de calcul : Slurm
Votre environnement de travail sera IDE Eclipse/VisualStudio Code, Git et gitlab
Des notions en biostats seraient un atout
Vous devrez avoir un bon sens de l'organisation, faire preuve de rigueur, méthode et aptitude au travail en équipe et à la communication.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :
- De 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- D'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- D'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- D'activités sportives et culturelles ;
- D'une restauration collective.
Modalités pour postuler
- Je télécharge le guide
Guide candidats 2025
pdf - 3.39 MB
- Je note le numéro du profil
IE25-GA-1
- Je m'inscris
Inscription
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
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