Vous travaillerez au sein du LUBEM (Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne, https://www.univ-brest.fr/lubem) à Plouzané, près de Brest.
C'est un laboratoire de recherche de l'Université de Bretagne Occidentale spécialisé dans l'étude de la biodiversité et de l'écologie des champignons, et ce principalement dans le secteur agro-alimentaire, marin et agricole. Au sein de la thématique « champignons et agriculture » dans laquelle la personne recrutée sera intégrée, les axes de recherche visent notamment à i) étudier la diversité génétique des populations des pathogènes ciblés, ii) décrire les communautés microbiennes du champ, dans le sol ou les plantes, en utilisant des approches culture- dépendantes et indépendantes, iii) étudier la structure et la fonction de ces communautés microbiennes et iv) développer des moyens de contrôle des pathogènes, en particulier via des approches de biocontrôle.
Le travail sera supervisé par Flora Pensec et Adeline Picot, enseignantes-chercheuses au LUBEM.
Votre mission principale ?
Vous participerez aux travaux de recherche du projet CASDAR COLLEG porté par le LUBEM. Ce projet implique différents partenaires : Terres Inovia, l'UNILET, l'INRAe, Vegenov, la FNAMS et l'ISARA.
Les espèces légumineuses sont à l'interface des transitions agro-écologique et alimentaire. Leurs caractéristiques font d'elles un atout dans la conception et le développement de systèmes de culture durables et sans pesticides. Les légumineuses, pourtant majeures pour la souveraineté protéique et alimentaire en France, sont peu représentées dans les rotations et sujettes à des fluctuations de rendements notamment causées par des maladies telles que l'anthracnose. Le projet COLLEG vise dans un premier temps à déterminer l'origine, caractériser le cycle de développement et évaluer la prévalence de l'anthracnose chez les légumineuses à graines (LAGs) en France via un échantillonnage de parcelles durant 2 ans ciblant les bassins de production majeurs des cultures de pois protéagineux, pois potager, lupin, féverole, lentille, soja, pois chiche et haricot. L'identification des communautés fongiques et de la présence de Colletotrichum dans les échantillons par des approches culturales et moléculaires, associée à une collecte de données météorologiques et, via des questionnaires d'information sur les pratiques et les itinéraires techniques des parcelles permettra (i) d'identifier les espèces majeures du genre Colletotrichum responsables de l'anthracnose en France, (ii) de développer des outils permettant de détecter rapidement sa présence, (iii) d'évaluer la prévalence de la maladie et sa co-occurrence avec d'autres maladies sur LAGs en France, et (iv) d'identifier les leviers agronomiques permettant de limiter le risque d'apparition d'anthracnose.
Vos activités ?
Vos activités consisteront à :
- Mettre en culture différents types d'échantillons
- Isoler, identifier les isolats fongiques par séquençage moléculaire
- Gérer des collections de cultures
- Réaliser des extractions d'ADN et des PCR
- Réaliser des suivis de croissance pour établir des valeurs cardinales de croissance
- Appliquer des protocoles d'analyse de données metabarcoding
- Réaliser des traitements statistiques
- Tenir un cahier de laboratoire
- Participer à la vie du laboratoire
- Participer aux réunions du projet avec les partenaires
- Gérer les commandes de consommables et du matériel
- Mettre en forme et présenter les données auprès des responsables du projet
Titulaire d'un niveau Bac+5 (Ecole d'ingénieur ou Master 2), vous disposez de compétences en microbiologie (idéalement en mycologie), en biologie moléculaire et dans le traitement statistique de données (idéalement à l'aise avec l'environnement R et le langage Python).
Experience: Débutant accepté
Compétences: Analyser, exploiter, structurer des données,Déterminer et développer les méthodes de recherche, de recueil et d'analyse de données,Réaliser et vérifier des calculs de mathématiques généraux ou appliqués,Relever, contrôler, ajuster des mesures et dosages
Qualification: Cadre
Secteur d'activité: Enseignement supérieur
Liste des qualités professionnelles:
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Organiser son travail selon les priorités et les objectifs : Capacité à planifier, prioriser, anticiper des actions, en tenant compte des moyens, des ressources, des objectifs et du calendrier pour les réaliser.
Travailler en équipe : Capacité à travailler et à se coordonner avec les autres au sein de l'entreprise pour réaliser les objectifs fixés.
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