Retour à la liste des résultats
Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
La thèse proposée (financement déjà acquis) se déroulera dans le cadre du programme national de recherche PEPR « Agroécologie et Numérique : données, agroéquipements et ressources génétiques au service de la transition agroécologique et de l’adaptation aux aléas climatiques » qui est une des mesures de la stratégie d’accélération SADEA (Systèmes agricoles durables et équipements agricoles contribuant à la transition écologique) de France 2030. Il est doté d'un budget de 65 millions d'euros pour une durée de huit ans et copiloté par INRAE et Inria .
Plus précisément, la thèse se déroulera dans le cadre du Projet lauréat de l’appel 2023 intitulé ADAAPT pour Agroécologie et Agriculture numérique via l’épigénétique des animaux et des plantes( ). 4 thèses sur 4 espèces différentes (dont la thèse proposée ici) seront financées dans le cadre de ce projet (2025-2030) avec diverses interactions.
Contexte et problématique :
Les transitions agroécologiques des systèmes agroalimentaires actuels se déroulent dans un contexte de pression croissante due aux changements climatiques. Pour améliorer la durabilité de nos systèmes agricoles dans ce contexte, il est essentiel de comprendre comment les individus peuvent s'adapter aux changements environnementaux.
La sélection génétique ne représente qu'une partie de la variation phénotypique et les modèles actuels supposent que le classement des individus n'est pas affecté par les conditions environnementales. Or, il a été démontré, chez diverses espèces, que les perturbations environnementales peuvent influencer l'épigénome et les caractères phénotypiques des organismes.
Face à ces défis, qui concernent à la fois les espèces végétales cultivées et les animaux d'élevage, de nouveaux outils de phénotypage doivent être développés pour surveiller l'adéquation de l'individu (plante ou animal) et de son environnement (exposome). Les modifications épigénétiques, telles que la méthylation de l'ADN, sont des marques moléculaires impactant la diversité phénotypique des organismes.
Objectifs :
Le défi scientifique du projet est d'utiliser des technologies numériques de type apprentissage automatique pour exploiter les données épigénétiques afin d'optimiser l'utilisation des ressources génétiques végétales (ici le peuplier), y compris leur microbiote (holobionte), dans une perspective agroécologique.Cela permettra également de modéliser les trajectoires phénotypiques des plantes cultivées dans des itinéraires agroécologiques.
Ses objectifs spécifiques incluent :
* La caractérisation des profils épigénétiques des ressources génétiques conservées en France dans divers exposomes liés à la transition agroécologique comme la ressource en eau sur une espèce modèle de ligneux cultivé, le peuplier.
* L’intégration des données génomiques, transcriptomiques, épigénétiques, spectrales et du microbiote pour la modélisation agricole à l'aide de méthodes numériques.
Le projet ADAAPT propose de relever ces défis en fusionnant des compétences concernant les cultures, leur microbiote, physiologie, génétique, épigénétique, épigénomique et technologies numériques pour l'agriculture, issues de 13 laboratoires différents d'INRAE, de deux équipes de l'Institut Agro, d'une équipe de l'Université d'Orléans et d'une équipe de l'INRIA. Un tel consortium permet de rassembler des biologistes ayant une expertise solide dans divers domaines (généticiens, physiologistes, microbiologistes) et des numériciens (statisticiens et bio-informaticiens). Il est important de noter que le projet ADAAPT se déroulera avec 4 thèses (dont le présent sujet) qui formeront un réseau d’échanges entre doctorants et encadrants et toute la communauté du projet ADAAPT et plus largement du PEPR Agroécologie et numérique. Cela offre un cadre particulièrement favorable à l’innovation.
Plan de travail :
Des données de méthylome, génome, transcriptome, de phénotypes, mais également spectrales (NIRS) sur plus de 200 individus provenant de populations naturelles de peuplier, déjà disponibles et issues de projets précédents (ANR Sybiopop et ANR EPITREE) seront analysées au cours de cette thèse. De plus, de nouvelles données acquises dans le cadre du projet ADAAPT viendront compléter ces jeux de données. En effet, >200 individus génotypés (puce SNP) issus d’un croisement entre deux espèces de peupliers (GIS peuplier), installés en pépinière depuis 2 ans et suivis en termes de phénotypage seront épigénotypés lors du projet. Quatre axes majeurs ont été retenus pour cette analyse :
1. Méthodes descriptives de la diversité épigénétique des ressources génétiques chez le peuplier
2. Étude et développement de méthodes d’imputation de données épigénétiques
3. Tests d’association utilisant l’épigénomique pour identifier des loci majeurs en amélioration (production biomasse, qualité du bois, interaction avec le microbiote, tolérance à la sécheresse, tolérance à la rouille).
4. Test et développement de modèles de prédiction phénotypique
Localisation : Institut Agro (Rennes)
Formations et compétences recherchées
Master/Ingénieur (Bac+5)
Une formation en statistique et/ou bio-informatique, avec des notions avancées en code R et Python seront souhaitables. Des notions de biologie et/ou génomique et bioinformatique seraient un plus. Apprécier le travail entre équipes (3 unités impliquées sur 2 sites) tout en développant ses capacités d’autonomie seront indispensables.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.
Modalités pour postuler
Merci de transmettre les éléments ci-dessous :
- Une lettre faisant état de vos motivations pour ce projet ;
- Un Curriculum Vitae avec les notes L3, M1, M2 (semestre 1);
- Les informations de contact de 1 à 2 personnes référentes
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
En cliquant sur "JE DÉPOSE MON CV", vous acceptez nos CGU et déclarez avoir pris connaissance de la politique de protection des données du site jobijoba.com.