Ingénieur-e en bio-informatique spécialité génomique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Au sein de l'équipe PaleoEVO (http://bit.ly/PaleoEvo) de l'UMR Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (GDEC), vous participerez aux divers projets de l’équipe dans le domaine de la paléogénomique (analyse d’ADN ancien, reconstruction d’ancêtres) et recherche translationnelle chez le blé pour des caractères agronomiques. L’équipe d’accueil assure l’accès aux outils bio-informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet. Vous serez sous la responsabilité du directeur de recherche et d’ingénieur.e.s de recherche, et entourez de doctorants et post doctorants spécialisés en génétique et bio-analyse.

Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse de séquences issues d’ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi: 10.1186/s13059-019-1627-1) et la comparaison avec les bases de données caractérisant les accessions modernes de blé (polymorphisme SNP), notamment des analyses phylogénétiques, descriptives (Blast, ACP). Vous participerez au développement méthodologique et à l’optimisation des process. Vous devrez assurer le suivi qualité et la traçabilité des analyses et rendre compte de la continuité du travail.

Vous serez potentiellement amené à travailler sur 2 sites distants de 5 kilomètres.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation recommandée : ingénieur ou Master dans le domaine de la bio-informatique, modélisation de données, (épi)génétique, intégration des données (génétique, épigénétique, transcriptomique, petit ARNs).

Connaissances souhaitées :
- Maîtrise de langages de programmation (Bash, Python, R, C, C++, Gitlab, Conda, cluster de calcul type HPC, …) ainsi que des outils d’interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (Galaxy).
- Exploitation des données NGS (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARN, etc.) allant du contrôle qualité des séquences à l'analyse plus fine des polymorphismes.
- Exploration de séquences (comparaison/mapping de séquences (Blast/BWA/bowtie)).
- Utilisation de banque de données génomiques.
- Alignement de séquences et phylogénie/phylogénomique, analyse de structure (Megan, Structure), génétique des populations.
- Biostatistique (machine learning, glm, modèles multivariés, ...) pour une interprétation éclairée des résultats.
- Maîtrise des techniques d’analyse de metabarcoding, métagénomique et statistiques associées.

Une expérience en génomique comparative et génomique évolutive serait appréciée.

Aptitudes recherchées : rigueur, autonomie, motivation, communication en anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Le site de Crouël est directement desservi par les lignes de bus régulières T2C n°9, n°35 et n°36.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr