H/f ingénieur·e de recherche en bioinformatique

H/F ingénieur·e de recherche en bioinformatique

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* Fonction publique : Fonction publique de l'État
* Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
* Nature de l’emploi : Emploi ouvert uniquement aux contractuels
* Nature du contrat : Non renseigné
* Expérience souhaitée : Non renseigné
Rémunération : Fourchette indicative pour les contractuels entre 2900€ et 3600€ brut/an. Fourchette indicative pour les fonctionnaires non renseignée.
* Catégorie : Catégorie A (cadre)
* Management : Non renseigné
* Télétravail possible : Non renseigné


Missions :

Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.

Activités :

* Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique.
* Vous mettrez en place des protocoles d’analyse tertiaire (GeneOntology, GSEA…) pour des données RNA-seq bulk et single-cell.
* Vous participerez à l’analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq et scRNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs.
* Vous évaluerez des outils IA pour l’annotation structurale de génomes mal ou peu annotés.
* Vous participerez à l’organisation de formations en bioinformatique sur le séquençage de données nanopore.
* Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues.
* Vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.


Contexte de travail :

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.

Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.

L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.

La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS (https://genomique.biologie.ens.fr) existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle.


Profil recherché

Compétences :

* Bioinformaticien·ne titulaire d’un doctorat, vous maîtrisez les langages/outils :
* Python ou Java et des notions de programmation objet.
* R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques.
* Outils d’analyse de données de RNA-seq sur cellule unique (SEURAT, Scanpy…).
* Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…).
* L’utilisation de Git et GitHub pour le suivi des versions du code source.

La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience de l’utilisation des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de tâches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est essentielle, car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.

La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.


Niveau d'études minimum requis

* Niveau : Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
* Spécialisation : Sciences naturelles (biologie-géologie)
#J-18808-Ljbffr