Post-doc décryptage du rôle protecteur des éléments transposables dans la réponse antivirale h/f

Ce contrat postdoctoral est financé par le projet ANR ProtecTE (Deciphering the Protective role of Transposable Element in antiviral response).
Description du projet
Les éléments transposables (ET) sont des parasites génomiques. Ce sont des morceaux d'ADN capables de se déplacer et de se multiplier le long des chromosomes, par divers mécanismes, dont certains sont étroitement similaires à certains cycles viraux. Ce comportement constitue une menace directe pour l'intégrité du génome, et des mécanismes ont évolué permettant le contrôle de l'activité des ET. L'interférence ARN (ARNi) est l'un d'entre eux et repose sur de petites molécules d'ARN qui ciblent les ET par complémentarité de séquence. Deux voies principales d'ARNi sont impliquées dans le contrôle des ET, qui diffèrent par leurs acteurs moléculaires et leurs précurseurs ARN : la voie des piARN, principalement décrite dans les gonades, et la voie des siARN, également active dans le soma. Chez de nombreux organismes, l'ARNi est également impliquée dans l'immunité antivirale, par le biais de la voie des siARN. Depuis près d'une décennie, nous étudions les connexions potentielles entre le contrôle des ET et l'immunité antivirale, et avons montré qu'ils n'étaient pas indépendants (Roy et al., 2020 ; 2021 ; Garambois et al., 2024 ; Mayeux et al. 2024). En utilisant le virus C de la drosophile (DCV), un virus qui code un suppresseur viral de l'ARNi, nos derniers résultats ont révélé que les souches de drosophiles présentant une charge élevée de séquences d'ET dans leur transcriptome montrent de faibles titres de DCV lors d'infections expérimentales (Mayeux et al., 2024). L'objectif du présent projet est donc de déterminer les mécanismes moléculaires et les impacts évolutifs de ce rôle protecteur potentiel des ET contre la réplication de DCV.

Activités
La personne sélectionnée réalisera des infections expérimentales de mouches et des expérimentations de biologie moléculaire afin d'étudier les mécanismes sous-jacents. Elle mesurera également la valeur adaptative des mouches (fécondité et survie) dans différentes conditions infectieuses. Enfin, elle analysera les données RNAseq d'une collection d'échantillons provenant de la nature afin d'étudier la charge virale naturelle et l'activité des ET.
Compétences
La personne sélectionnée devra être autonome dans les expériences de biologie moléculaire, avec une formation et un intérêt pour la génomique et/ou l'évolution des interactions. Une expérience préalable dans le domaine des infections d'insectes serait un avantage. Nous recherchons une personne méticuleuse, bien organisée et créative, ayant un sens aigu du collectif. Les réunions du groupe se déroulent en anglais.
Contexte de travail

La personne recrutée travaillera au sein du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) situé sur le campus universitaire Lyon-Tech La Doua à Villeurbanne (commune limitrophe de Lyon).
Elle sera encadrée par Marie Fablet (Maîtresse de conférences, LBBE UMR CNRS 5558, Université Lyon 1), qui dirige l'axe ET (au sein du groupe « Génétique et évolution des interactions »), dont font également partie Cristina Vieira et Matthieu Boulesteix, deux enseignant.e-chercheur.euse de l'Université Lyon 1, et des doctorant.es et post-doctorant.es. Ce groupe est reconnu pour son expertise de la dynamique et l'évolution des ET, en particulier chez la drosophile. Il réunit des connaissances en biologie moléculaire, en génétique des populations et en bio-informatique spécifiquement dédiées à la biologie des ET. De plus, ce projet est réalisé en collaboration avec Rita Rebollo (CR INRAE, BF2I), Natacha Kremer (CR CNRS, LBBE), et Séverine Chambeyron (DR CNRS, IGH, Montpellier), pour leurs expertises reconnues respectivement des ET, de l'immunité des insectes, et de la génétique de la drosophile et la biologie des petits ARNs. Le LBBE dispose de tous les équipements nécessaires à l'élevage des mouches et aux expériences de biologie moléculaire, en association avec le DTAMB (Développement des Techniques et Analyses Moléculaires pour la Biodiversité, Université Lyon 1 http://www.dtamb.univ-lyon1.fr), et de puissants moyens de calcul, en association avec le PRABI (Pôle Rhône-Alpin de Bio-Informatique, http://www.prabi.fr).
Lyon est la troisième ville de France et est très dynamique avec 180 000 étudiants. Elle possède une riche histoire qui remonte aux Romains et figure sur la liste des sites du patrimoine mondial de l'UNESCO (https://whc.unesco.org/en/list/872/). Lyon est entourée de parcs naturels (Vercors, Chartreuse, Haut-Jura, Livradois-Forez, Ardèche) et se trouve à deux heures des Alpes. Genève est accessible en train ou en voiture en moins de deux heures, Paris en 2 heures de train ainsi que Marseille et la mer Méditerranée. Informations complémentaires

Nos petits + :
- Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
- Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
- Une possibilité de télétravailler
- Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
- Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
- Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
- 44 jours de congés / RTT par an
- Participation financière au frais de mutuelle