Stage de M2 - Évaluation de Neo4J dans le cadre de la création du graphe de connaissances Omnicrobe
Date de prise de poste : 1 janvier 2025
L’unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement (MaIAGE ; https://maiage.inrae.fr/) est située sur le centre INRAE (https://www.inrae.fr/) de Jouy-en-Josas. Cette unité de recherche regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes qui développent des méthodes pour répondre à des questions de biologie et agro-écologie. MaIAGE est structurée en cinq équipes dont l’équipe Bibliome (https://maiage.inrae.fr/fr/bibliome) qui développe des méthodes de traitement automatique des langues (TAL) et d'apprentissage automatique (ML) pour extraire des informations de textes par des ontologies dans le domaine de la biologie.
Objectifs & Travail demandé
L’unité MaIAGE développe l’application Omnicrobe (Dérozier S, et al, PlosOne, 2023) qui rassemble des informations sur les habitats, les phénotypes et les usages des micro-organismes, extraites automatiquement de sources textuelles (PubMed, GenBank, DSMZ, Centres de Ressources Biologiques pour les microorganismes - CIRM). Omnicrobe forme un graphe de connaissances sur la biodiversité microbienne contenant plus d’un million de relations. Les données sont accessibles via une interface web (https://omnicrobe.migale.inrae.fr/) et une interface programmatique (API ; https://omnicrobe.migale.inrae.fr/api). Le ou la stagiaire aura pour mission d’évaluer la solution Neo4J (https://neo4j.com/fr/) afin de représenter les données sous forme de graphe. Il ou elle s’appuiera sur un jeu de données constitué d’un sous-ensemble des données Omnicrobe afin d’alimenter une base Neo4J et d’évaluer les fonctionnalités et les performances de la suite logicielle (conception, requêtage).
Compétences techniques recherchées
* Base de données
Procédure : Merci d'envoyer un email accompagné d'un CV et d'une lettre de motivation à sandra.derozier@inrae.fr et robert.bossy@inrae.fr.
Offre publiée le 6 novembre 2024, affichage jusqu'au 31 décembre 2024.
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