Contexte du recrutement et définition de poste
PRÉAMBULE
Le MNHN est l’organisme de référence en France pour la taxonomie et les collections de spécimens. Dans ce cadre, des liens sont établis entre les départements de systématique (UMR 7205 ISYEB), les collections du MNHN (DGD-C) et PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD) pour assurer l’enrichissement et le maintien à jour du référentiel taxonomique national TAXREF, la valorisation de la collection nationale, et l’interopérabilité des données aux niveaux national et international.
CONTEXTE ET PROJET
TAXREF (taxref.mnhn.fr) sert de référence pour les dispositifs réglementaires et la gestion des données de biodiversité concernant les espèces, dans le cadre des politiques publiques (SINP, SIB, etc. ; art. L411-1 Code de l’Environnement)[1]. En diffusion libre depuis 20 ans, il a été téléchargé plus de 68 000 fois depuis la version 3 et fournit la base taxonomique pour la plupart des outils naturalistes nationaux et les échanges inter-plateformes. Riche de 85 000 entrées pour 32 000 taxons terminaux, le référentiel de la fonge (ensemble des champignons, incluant les lichens) de France représente une part importante des attentes de la communauté d’acteurs œuvrant pour la connaissance et la conservation de la biodiversité.
Ces attentes sont liées non seulement à la gestion des données d’occurrences de taxon mais aussi à la gestion (1) des relations fonctionnelles entre la fonge et d’autres organismes (ex. symbiose ou parasitisme des plantes sauvages et cultivées, infectiologie ou intoxication en lien avec la santé publique et des personnes), (2) et des fonctions écosystémiques (ex. dégradation et recyclage de la matière organique, restauration et dépollution du sol, résistance et résilience des forêts aux stress hydriques, aide à la nutrition des végétaux, etc.).
Les besoins sont importants pour alimenter et tenir à jour le référentiel TAXREF afin de renforcer sa complétude et sa validité pour les utilisations dans le cadre des politiques publiques, de la recherche scientifique, de la surveillance et de la gestion de la biodiversité. Par ailleurs, il existe de forts besoins en termes de consolidation, que ce soit au niveau national (métropole et territoires ultra-marins) mais également avec les référentiels européens et mondiaux. Ce travail de consolidation et d’enrichissement du référentiel de la fonge de France passe notamment par la valorisation et le développement des collections du MNHN qui hébergent de nombreux types à l’origine de la description des taxons, ainsi que par l’alimentation des bases de séquences de référence qui permettront de résoudre les problématiques taxonomiques, de consolider le référentiel TAXREF et les bases de connaissances associées (statuts, interactions, traits de vie).
DESCRIPTION DES MISSIONS
Au sein de l’UMR, et sous l’autorité du porteur du projet, Marc-André Selosse, le(la) titulaire du poste devra assurer la consolidation du référentiel Fonge de TAXREF en assurant (1) la mise à jour de TAXREF par l’analyse du référentiel, la coordination des experts, la gestion des besoins relatifs au séquençage des taxons, et (2) la valorisation de l’herbier national et la veille bibliographique :
· En lien avec le réseau national des mycologues (AdoniF, SMF, CBN), analyser le référentiel fonge de TAXREF, en particulier pour la métropole où une mise à niveau est nécessaire :
o Corriger les noms, les abréviations d’auteur, les dates en s’appuyant sur les descriptions originales et les spécimens de l’herbier national ;
o Identifier les problèmes de cohérence taxonomique (1) au sein de la fonge de métropole en lien avec la littérature la plus récente, (2) au niveau de la fonge nationale en lien avec les référentiels internationaux (Index Fungorum, Mycobank), et (3) en lien avec les réseaux d’experts ;
o Prendre en charge et centraliser les besoins de séquençage relatifs aux problématiques taxonomiques et/ou à l’alimentation du référentiel de séquence sur la fonge de France.
· Contribuer à la coordination des experts de la fonge au niveau national :
o Aider à animer le réseau des mycologues liés à l’herbier du MNHN ainsi que les spécialistes français et internationaux avec lesquels ils travaillent ;
o Faire des liens avec le programme Funif-Col de barcoding moléculaire de référence des taxons fongiques de la fonge de France ;
o Co-animer le groupe de travail « Fonge de l’hexagone » avec le coordinateur identifié pour le compte du réseau des CBN et en lien avec les têtes de réseaux agissant dans le domaine de la mycologie ;
o Assurer la consolidation nationale de la Fonge de TAXREF en lien avec les coordinateurs et experts de chaque territoire d’outre-mer de TAXREF (échanges, discussions et prise en compte des décisions finales au niveau du référentiel).
Résultats attendus :
· Mise à jour effective de la base TAXREF grâce à l’application numérique TAXREF-web (ajouts et modifications des noms du référentiel).
· Valoriser et diffuser les résultats au travers de publications scientifiques, possiblement sous la forme de datapapers.
Partenaires internes :
Lien direct avec les équipes de l’herbier national du MNHN (sous les responsabilités de Bart Buyck, responsable de l’herbier fongique, Sundy Maurice, chargée de l’herbier, et de Marc-André Selosse, responsable de l’équipe INEVEF), la cellule TAXREF de PatriNat, les experts Fonge du MNHN.
Lien direct avec l’UAR 2007 2AD dans le cadre de la gestion des besoins en matière de séquençage.
Partenaires externes :
Lien privilégié avec le RT Fonge des CBN (champignons et lichens) et le coordinateur identifié pour le compte du réseau des CBN ; avec les principaux acteurs de la Fonge métropolitaine (têtes de réseaux nationales : AdoniF, SMF, AFL) ; avec les coordinateurs de la Fonge des différents territoires d’outre-mer de TAXREF ; avec les spécialistes mondiaux en fonction des groupes taxonomiques (notamment spécialistes en lien avec l’herbier national).
Lien direct avec les partenaires externes (CCDB) dans le cadre du projet Barcode of Life pour la gestion des besoins en matière de séquençage.
Profil recherché
CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES
Être titulaire au minimum d’un diplôme de niveau Master dans les domaines suivant : biologie, biodiversité, systématique, environnement.
QUALIFICATIONS REQUISES
Très bonnes connaissances, idéalement dans au moins 3 des 4 domaines suivants :
· nomenclature (code de la Flore, Fonge, Algues) et de la taxonomie ;
· mycologie
· connaissance des acteurs et des réseaux taxonomiques au niveau métropolitain, européen et international ;
· logique des « Référentiels » (gestion taxonomique et informatique).
Maîtriser les outils nécessaires à la gestion référentielle.
Aisances rédactionnelle (rédaction d’articles scientifiques) et orale (organisation de réunions).
Rigueur et autonomie.
Aptitude à travailler en équipe (au sein de la cellule TAXREF et en lien avec les différents coordinateurs de la Fonge de TAXREF).
Information(s) complémentaire(s)
Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.
Le contrat
Localisation : Jardin des plantes
Contrat : Contrat de projet de douze mois
Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.
Les avantages
Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine après 4 mois d'ancienneté
Restaurant d'entreprise
Prise en charge partielle de votre mutuelle
Un comité social et une association sportive et culturelle
Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités
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