Postdoc en biochimie computationnelle h/f

- Simulations QM/MM-MD
- Méthodes d'échantillonnage préférentiel et calculs d'énergie libre
- Rédaction de publications
- Présentations orales et par posters dans des congrès internationaux
- Encadrement de stagiaires
Activités
Dans les cellules, l'activité des gènes est étroitement contrôlée par des modifications chimiques réversibles, qui sont de divers types et modulent l'accessibilité des gènes sans affecter la séquence d'ADN. La modification des protéines histones, responsables de la compaction de l'ADN dans le noyau, en fait partie. Comprendre comment ces changements impactent la compaction de l'ADN (du nucléosome aux structures de la chromatine) et le fonctionnement du génome est un domaine de recherche d'actualité, mais plusieurs aspects souffrent d'un manque critique de données et restent insaisissables aux outils expérimentaux.
Ce projet postdoctoral vise à élucider les mécanismes de formation de la modification de la S-glutathionylation dans le contexte du nucléosome. S'il a été démontré que le résidu cystéine de l'histone H3 peut être S-glutathionylé in vitro et in vivo (voir García-Giménez et al Free Rad Biol Med 2021), les processus dynamiques permettant au réactif de se positionner dans un état pré-réactif et les mécanismes réactionnels à l'origine du processus de S-glutathionylation lui-même restent inconnus. En recourant aux approches QM/MM-MD, à l'échantillonnage amélioré et aux calculs d'énergie libre, les voies de réaction conduisant à la formation de glutathionylation de l'histone H3 seront élucidées.

Cette recherche fournira des informations inédites sur les mécanismes de formation des modifications des histones, ouvrant des perspectives importantes pour la compréhension de la compaction de l'ADN et de la régulation de l'expression génétique.
Compétences
Titulaire d'un doctorat, avec une formation en chimie computationnelle/biochimie. Un vif intérêt pour les applications aux systèmes biologiques et une expérience documentée des approches QM/MM(-MD) sont requis.
De bonnes compétences en programmation et une connaissances des techniques de calculs d'énergie libre et d'échantillonnage référentiel seraient fortement appréciées.
Contexte de travail

Ce contrat postdoctoral s'inscrit dans le cadre du projet CHROM, financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR, ID ANR-24-CE29-2473).
La/le candidat.e travaillera au Laboratoire de Physique et Chimie Théorique à Nancy (France).
Le laboratoire LPCT s'engage à promouvoir un milieu de travail inclusif.

Ce contrat postdoctoral s'inscrit dans le cadre du projet CHROM, financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR, ID ANR-24-CE29-2473).
La/le candidat.e travaillera au Laboratoire de Physique et Chimie Théorique à Nancy (France).
Le laboratoire LPCT s'engage à promouvoir un milieu de travail inclusif.