Ingénieur d'études développement outils bioinformatiques (h/f)

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Ingénieur d'études développement outils bioinformatiques (H/F)

Date Limite Candidature : mercredi 1 janvier 2025 23:59:00 heure de Paris
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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'études développement outils bioinformatiques (H/F)
Référence : UMR5100-OLAREN-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 11 décembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 5 mois
Date d'embauche prévue : 17 février 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2349€ et 2472€ brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données


Missions

Le but de ce contrat est de développer une nouvelle version du programme Capsule Finder. Ce programme identifie les opérons de capsules extracellulaires dans des génomes complets. L'actualisation de CapsuleFinder implique de passer du langage python 2 à python 3 et de générer de nouveaux modèles HMM pour caractériser plus de capsules extracellulaires différentes, et les chercher dans des protéomes bactériens.


Activités

1. Faire évoluer des outils bioinformatiques de l'équipe
2. Générer des modèles de protéines dites HMM
3. Annoter des génomes et chercher des opérons capsulaires dans les protéomes
4. Analyse des données de RNA-seq déjà produites dans le laboratoire ou présentes dans des bases de données


Compétences

1. Maitrise de l'outil Galaxy
2. Maitrise de développement d'outils bioinformatiques, versions, Github
3. Compétences de génomique comparative
4. Maitrise du langage python
5. Connaissances approfondies en génétique bactérienne, éléments génétiques mobiles et bactériologie clinique
6. Maitrise de l'anglais
7. Lecture et analyse des ouvrages scientifiques


Contexte de travail

Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress.


Contraintes et risques

Pas de contraintes ni de risques associés.

#J-18808-Ljbffr