Data scientist h/f

DATA SCIENTIST H/F DIRECTION DE LA RECHERCHE ET DE L'INNOVATION CDI - TEMPS PLEIN DES QUE POSSIBLE L'entrepôt de données de santé du CHU de Poitiers recrute un Data Scientist H/F souhaitant travailler sur un projet ambitieux visant à exploiter de grands volumes de données pour générer de nouvelles connaissances médicales. Présentation générale du CHU et de son entrepôt de données Composé d'environ 2 700 lits, le CHU de Poitiers s'étend sur 5 sites (Poitiers, Châtellerault, Loudun, Lusignan, Montmorillon) répartis sur l'ensemble du territoire de la Vienne. Établissement de soins de référence, il assure ses missions de soins et de recherche pour les 1,8 millions d'habitants du Poitou-Charentes. Le CHU de Poitiers est organisé en 15 pôles d'activités cliniques et médico-techniques. Le CHU de Poitiers est lauréat de l'appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d'Entrepôts de Données de Santé hospitaliers » soutenu par France 2030. Le plan « France 2030 », doté de 54 milliards d'Euros déployés sur 5 ans, vise à développer la compétitivité industrielle et les technologies d'avenir à l'horizon 2030. Cet entrepôt de données permettra aux chercheurs un accès aux données dans un cadre technique et sécurisé. De nombreuses informations médicales sont mentionnées en texte libre et sont présentes dans les comptes-rendus, courriers et notes médicales. L'intégration de ces informations nécessite le déploiement d'un pipeline de traitement automatique de la langue (TAL) complet : extraction du contenu textuel des documents dans différents formats (doc, docx, pdf), pseudonymisation, reconnaissances d'entités nommées, annotation sémantique, chargement dans l'entrepôt de données et indexation. De plus, les projets de recherche nécessitent souvent des développements spécifiques visant à extraire des informations précises ou à classifier automatiquement des documents médicaux. Certains développements seront réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Limoges dans une vision d'infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine. Description du poste Sous la responsabilité du coordinateur de l'entrepôt et d'un médecin spécialiste des entrepôts de données de santé, les principales missions seront de : - Participer à l'implémentation d'un pipeline d'intégration des données textuelles.
- Réaliser un benchmarking des outils open source disponibles, adapter et tester des modèles existants et les évaluer.
- Analyser les besoins et réaliser des développements spécifiques pour les cas d'usage de l'EDS.
- Interroger les données de l'EDS pour répondre à des études de faisabilité.
Activités complémentaires :
- Participer à la réalisation d'analyses statistiques sur des données structurées pour répondre à des questions de recherche d'études monocentriques
- Dynamiser une communauté avec les autres ingénieurs en charge de l'intégration des données textuelles des EDS du CHU de Bordeaux et de Limoges.
Votre profil : Vous êtes titulaire d'une formation Bac +5 en informatique avec une appétence pour le secteur de la santé. Connaissances et qualités recherchées :
- Maîtrise du langage Python ; la connaissance de R serait un plus
- Maîtrise du langage SQL
- Expériences dans les algorithmes de TAL et des métriques d'évaluation, notamment en reconnaissances d'entités nommées et en classification automatique de textes.
- Expériences dans le développement d'un pipeline de TAL
- Connaissance de Git
- Connaissance de Linux
- La connaissance de la modélisation statistique (régression linéaire, régression logistique, modèles de survie) serait un plus
- Une expérience en développement logiciel serait un plus
- La connaissance de Docker serait un plus
- Rigueur, autonomie, sens de l'organisation
Vous devrez en outre avoir les qualités humaines et relationnelles adaptées au travail au sein d'une équipe composite, pluridisciplinaire intégrant des médecins, des informaticiens, ingénieurs et des biostatisticiens. Informations complémentaires Vous recherchez un poste stimulant et stable ? Nous avons le poste qu'il vous faut : un CDI à temps plein à pourvoir dès que possible. Votre rémunération sera fixée en fonction de votre formation et de votre expérience, sur un grade d'Ingénieur Hospitalier, catégorie A (grille indiciaire de la fonction publique hospitalière) soit un salaire à partir de 28K€ brut/an. Pourquoi rejoindre le CHU de POITIERS ?
- Faire preuve d'un engagement fort au sein d'une structure hospitalière publique
- Réputation : le CHU de POITIERS est reconnu pour ses services de haute qualités et ses avancées dans divers domaines médicaux.
- Localisation : Situé à Poitiers, une ville avec un riche patrimoine historique et culturel, le CHU offre un cadre de vie agréable, avec un bon équilibre entre vie professionnelle et vie privée.
- Accompagnement personnalisé des agents durant leur carrière (prévention des RPS, service social du personnel.)
- Accès à l'ensemble du plan de formation institutionnel
- Offre diversifiée de restauration (Food truck, self)
- Jardins et espaces verts/ parking gratuit/ réseau covoiturage
- Accès au CE/CGOS : vacances à prix réduits, tarifs préférentiels sur des spectacles, places de cinéma, chèques cultures, CESU, prestations sociales, chèques vacances
Des renseignements supplémentaires peuvent être demandés auprès de :
- Dr Sébastien COSSIN, référent scientifique de l'entrepôt de données de santé du CHU de Poitiers (@.**)
- Dr Alexandre Quillet, coordonnateur de l'entrepôt de données de santé du CHU de Poitiers (@.**)
La date limite de dépôt des candidatures (CV et lettre de motivation) à déposer sur le site web du CHU [http://www.chu-poitiers.fr/le-chu-recrute/datascientist] est le 23 février 2025. Ref : C110O87771