Alternance (bac +5) - data science - service data factory & analytics - contrat d'apprentissage

Sous-titre MISSIONS

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Poste rattaché au Service Data Factory & Analytics (Direction Développement et Innovation).
L'objectif principal est de développer une solution permettant d'automatiser le processus d'extraction d'informations pertinentes à partir de documents médicaux non structurés et dévaluer les performances de cette solution.

Tâches principales :

1. Compréhension des données médicales : familiarisation avec les différents types de comptes rendus médicaux. Analyse des spécificités linguistiques et des structures de ces documents.
2. Développement d'un pipeline d'extraction : conception et mise en œuvre d'un pipeline automatisé utilisant Mistral AI pour extraire les variables dintérêts à partir des documents médicaux, et permettant dalimenter une base de données structurée.
3. Évaluation de la performance de la solution en termes de précision, de rappel et de F1-score en utilisant une base de données manuellement saisie comme Gold Standard.
4. Identification des opportunités d'amélioration et itération du modèle pour une extraction plus performante.
5. Adaptation du process pour extraire différentes variables.

Cette alternance offre une opportunité unique d'acquérir des compétences pratiques en data science appliquée à la santé, tout en contribuant au développement d'une solution innovante essentielle pour exploiter des données médicales non structurées. Lalternant travaillera en étroite collaboration avec une équipe multidisciplinaire composée de spécialistes en biostatistique et en oncologie.

Sous-titre RÉFÉRENCES

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6. Schiappa R, Contu S, Culie D, Thamphya B, Chateau Y, Gal J, et al. RUBY: Natural Language Processing of French Electronic Medical Records for Breast Cancer Research. JCO Clin Cancer Inform. 2022 Jul;6:e2100199.
7. Savova GK, Ogren PV, Duffy PH, Buntrock JD, Chute CG. Mayo clinic NLP system for patient smoking status identification. J Am Med Inform Assoc JAMIA. 2008;15(1):258.
8. Holmes B, Chitale D, Loving J, Tran M, Subramanian V, Berry A, et al. Customizable Natural Language Processing Biomarker Extraction Tool. JCO Clin Cancer Inform. 2021 Aug;5:83341.
9. Hanauer DA, Barnholtz-Sloan JS, Beno MF, Del Fiol G, Durbin EB, Gologorskaya O, et al. Electronic Medical Record Search Engine (EMERSE): An Information Retrieval Tool for Supporting Cancer Research. JCO Clin Cancer Inform. 2020 May;4:45463.
10. Carrell DS, Halgrim S, Tran DT, Buist DSM, Chubak J, Chapman WW, et al. Using natural language processing to improve efficiency of manual chart abstraction in research: the case of breast cancer recurrence. Am J Epidemiol. 2014 Mar 15;179(6):74958.
11. Banerjee I, Bozkurt S, Caswell-Jin JL, Kurian AW, Rubin DL. Natural Language Processing Approaches to Detect the Timeline of Metastatic Recurrence of Breast Cancer. JCO Clin Cancer Inform. 2019 Oct;3:112.

Sous-titre PROFIL

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En prévision de votre dernière année détudes (Bac +5) en Data Science, vous recherchez pour la rentrée prochaine une alternance. Vous devrez disposer de bonnes connaissances des modèles de traitement du langage et du machine learning et être force de proposition. Vous devez être à laise avec les langages de programmation Python et/ou R et avoir une appétence pour les applications en santé et loncologie. De bonnes capacités de communication, orales et écrites, sont souhaitées.

Sous-titre CONTRAT STATUT

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12. Lieu de stage : Institut de Cancérologie de l'Ouest (ICO) - Site de Nantes / Saint-Herblain - Bd Professeur Jacques Monod, 44800 Saint-Herblain
13. Encadrant : Florent Le Borgne, Data Analyst Statisticien
14. Date de début : à partir de septembre 2024
15. Durée : un an
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Merci d'adresser, au plus tôt, votre candidature à La Direction des Ressources Humaines INSTITUT CANCEROLOGIE DE LOUEST par mail : et à Florent LE BORGNE :